SuStaIn学习笔记
问题
对于慢性病而言,疾病有自身的亚型差异与演进过程。
然而,横断面研究只能捕获某一瞬间某个个体的患病情况。
我们该如何根据许多个横断面,同时推测人群中的个体所患疾病的亚型,以及疾病的演进过程?
SuStaIn
我们定义,如果某种疾病的某些标志物以某一种特定形式演进,那它就构成一种亚型。
对于个体jjj,我们可以测量生物标志物iii,得到观测xijx_{ij}xij,我们的数据集可以表示为Xxij∣i=1,⋯ ,I,j=1,⋯ ,JX{x_{ij}|i=1, \cdots, I,j=1, \cdots, J}Xxij∣i=1,⋯,I,j=1,⋯,J。如果生物标志物iii提示了异常(或者指示了某个事件),就记作EiE_iEi。
我们想计算在这个群体中事件发生的顺序SSS,可以使下面的式子概率最大
P(X∣S)=∏j=1J[∑k=0I(P(k)∏i=1kP(xij∣Ei)∏i=k+1IP(xij∣¬Ei))]P(X|S) = \prod_{j=1}^J\left[\sum_{k=0}^I\left(P(k)\prod_{i=1}^kP\left(x_{ij}|E_i\right)\p ...
生信生存指南
Gene Ontology Analysis
GO分析用于回答一个简单而关键的问题:
“Given a list of genes found to be differentially expressed in my phenotype (e.g. disease) vs. control (e.g. healthy), what are the biological processes, cellular components and molecular functions that are implicated in this phenotype?”
GO富集分析:假如我有200个基因,我去数据库里找这200个基因都有什么功能。假如200个基因里160都跟细胞分裂有关,就有一定把握认为,这种疾病可能与细胞分裂有关。
需要注意的是,不能简单的用计数方法来评判哪些生物过程更重要,因为不同生物过程复杂程度不一样,一些生物过程可能涉及海量基因,另一些可能只涉及几个基因!
Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)分析:假如你在研究某种心脏病(例如畸形),你从病 ...
访问者模式
访问者模式可以将算法与其操作的对象类进行解耦。这种模式通过构建一个新的Visitor类,以防止新功能被整合进已有的类中(至少以更小的代价被整合进已有类中)。
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模板模式
模板方法允许程序员实现一种算法骨架,在具体算法中实现骨架中的每个具体步骤而不改变骨架本身。
12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849class GameAI { public: std::vector<Structure*> builtStructures; void turn() { collectResources(); buildStructures(); buildUnits(); attack(); } void collectResources() { for (Structure* s: builtStructures) { s->collect(); } } virtual buildStructures() = 0; virtual ...
状态机模式
状态机模式允许一个类在内部状态发生变化时更改其行为,仿佛它转变为另一个类一样。状态机模式与有限状态机密切相关。
通常的状态机实现随着类所能具有的状态数量增加而显著增加。状态机模式建议将所有所有模式转化为不同的类,并将所有与状态有关的操作封装在这些类当中。
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观察者模式
观察者模式是一种订阅机制:观察者对象可以第一时间收到其观察对象变化的通知
一个包含所有订阅者对象的表
几个用于订阅和取消订阅的方法
必要时,被订阅者将遍历订阅表,并调用每个观察者的特定方法以通知对应的观察者。
总结起来,观察者模式有一个EventManager,通过它维护订阅关系。消息发布者调用其notify方法,来通知所有订阅者。
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备忘录模式
允许在不暴露对象实现细节的情况下,将对象恢复到之前的状态。
快照对象应该是不可变对象,仅被初始化一次
快照发起者可以实现restore(Momento* m)方法,也可以由快照实现restore()方法。后者可以将快照对象与照看者对象(CareTaker)解耦。
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中介者模式
组件之间存在复杂依赖的时候,可以构造一个中介者统一管理组件之间的通讯。
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迭代器模式
迭代器模式用于访问组合对象。迭代器知晓组合对象的内部结构,将迭代的实现细节屏蔽在迭代器内部,而组合对象本身不负责遍历。
迭代器模式允许外部遍历整个对象而不暴露组合对象的内部实现。
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命令模式
把请求封装成一个对象,从而分离请求发起和执行。发起者和执行者之间通过命令对象进行沟通,便于请求对象的储存、传递、调用、增加和管理。
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